Одной из основных проблем при учете облигаций у инвестора является стоимость данной ценной бумаги, которая была перечислена эмитенту или продавцу. В настоящее время на рынке существуют различные виды облигаций, некоторые из которых продаются с существенным дисконтом. В других случаях продавец может приобрести облигацию по цене выше номинальной, в этом случае также имеются особенности учета облигаций у инвестора.